病原微生物、非病原微生物を問わず、すべての微生物を完全に死滅あるいは除去することを言います。具体的には、熱を利用する火炎滅菌法、湿熱滅菌法(加圧蒸気滅菌法,煮沸滅菌法)、乾熱滅菌法、濾過滅菌法、放射線滅菌法、ガス滅菌法(エチレンオキサイドガス、ホルムアルデヒドガス)があります。